水質保全研究助成は、水質保全の課題解明や対策手法等の研究を助成することにより、機構が自ら実施する調査研究と相まって、琵琶湖・淀川流域の水質保全の課題解決に資することを目的としています。当機構の調査研究と相補する研究助成募集分野（テーマ）を定めて、大学や公的研究機関等に対し平成21年度から助成しています。